O tubo que transporta a urina da bexiga até o exterior do corpo (uretra) não contém bactérias ou contém muito poucas para causar uma infecção. Entretanto, qualquer parte do trato urinário pode se tornar infectada. Uma infecção em qualquer lugar do trato urinário é chamada de infecção do trato urinário (ITU).
Geralmente, os micro-organismos que provocam a infecção entram no trato urinário por uma de duas vias. A porta de entrada mais frequente é o extremo inferior do trato urinário, ou seja, a abertura da uretra na extremidade do pênis, nos homens, ou a abertura da uretra na vulva, nas mulheres. A infecção sobe da uretra para a bexiga e, algumas vezes, para os rins, ou ambos. A outra via possível é a corrente sanguínea, geralmente, para os rins.
As infecções do trato urinário (ITUs) são quase sempre causadas por bactérias, embora alguns vírus, fungos e parasitas também possam infectar o trato urinário. Mais de 85% das ITUs são causadas por bactérias do intestino ou da vagina. Contudo, as bactérias que penetram no trato urinário são geralmente expulsas por meio da ação de limpeza da bexiga ao se esvaziar.